Depuis 1970, l’association participe à cet important groupe de travail qui se réunit une fois par mois et qui traite de questions d’intérêt très divers tel que les mouvements d’espaces boisés classés (le classement et le déclassement d’espaces), les aménagements en sites classés tels que sur les îles de Ré, d’Aix, Madame et Oléron... , l’autorisation d’ouverture ou d’extension d’élevage d’animaux non domestiques... Les autres membres de cette commission sont le Préfet, le DIREN, le DRAC, le DDAF, le DDE, le délégué régional au tourisme, le Service départemental de l’architecture et du patrimoine, des représentants du Conseil Général, celui des Maires, des personnalités qualifiées en matière de protection de sites, du cadre de vie et des sciences de la nature... Plusieurs formations existent en fonction des dossiers présentés : Sites et Paysages, Protection de la Nature, Faune Sauvage Captive et Publicité.

Cette commission examine notamment les projets de travaux devant être réalisés dans les sites classés (Marais Poitevin, Ile de Ré...) ou relatifs à la Loi Littorale...